Apache Jamesのconfig.xmlを設定するときに、フォルダの指定がfile://var/mail/inboxes のように指定されているが、Windowsのフォルダ（ドライブレター）はどう設定すればよいのだろう？とちょっと調べてもわからなかった。

実際には、下記のような指定でよさそう。
（下記は、D:\var\mail\inboxes\ に設定する場合。）

<repository destinationURL="file:///D:/var/mail/inboxes/" type="MAIL"/>